В 1934 году биостанция была передана Московскому университету. С этого момента начался новый этап в истории биостанции – она стала учреждением как научным, так и учебным, и ее история стала частью истории биологического факультета МГУ. Расширилась учебная и исследовательская работа, начали работать молодые ученые, студенты, аспиранты биологического факультета. В 1936 г. на биостанции впервые была проведена летняя практика студентов по зоологии и ботанике, и подобная практика для студентов биофака МГУ I-II курсов проводится и в настоящее время.
Первым сотрудником Московского университета, который с момента вхождения ЗБС в состав МГУ начал проводить регулярные исследования в окрестностях Звенигорода, стал доцент кафедры зоологии позвоночных биологического факультета Е.С.Птушенко. Он ввел в летнюю практику самостоятельные работы студентов (1936), значительная часть которых посвящена экологическому мониторингу. (Подобные самостоятельные работы, постоянно модифицируясь в соответствии с современными задачами, ведутся до сих пор). Е.С.Птушенко провел полную идентификацию авифауны бывшего Звенигородского уезда, собрал и опубликовал большой материал по экологии и питанию птиц, заложил основу для ведения орнитологического мониторинга. Большую роль как в проведении летней практики, так и в организации экологических исследований в довоенные и послевоенные годы, вплоть до последнего года своей жизни, сыграл доцент кафедры зоологии позвоночных К.Н.Благосклонов. Увлеченный энтузиаст и неутомимый экспериментатор, он один из первых начал проводить исследования не в лаборатории, а в природе, разработав для этого ряд оригинальных методик.
В 1938, 1940 и в последующие годы на Звенигородской биостанции во время учебного процесса и вне его собирали материалы А.Н.Формозов и В.И.Осмоловская, использовавшие наблюдения на ЗБС наряду с проведенными в других местах для написания больших и во многом основополагающих работ. А.Н.Формозов явился организатором зимней студенческой практики на ЗБС, отдельные фрагменты которой продолжаются и до настоящего времени.
Годы репрессий, потрясшие всю страну, коснулись и судьбы биостанции и ее сотрудников. Еще в 1927 г. Н.К.Кольцов и Н.И.Вавилов будучи на съезде в Берлине предупреждали работавшего там Н.В.Тимофеева-Рессовского – не возвращайся, погибнешь! В 1929 г. был арестован и сослан С.С.Четвериков.
Печально известна судьба многих выдающихся биологов того времени, в том числе тех, кто начинал свою научную деятельность на Звенигородской биостанции. В книге С.Э.Шноля «Герои и злодеи российской науки» приведены фамилии знаменитых биологов, которые подвергались политической травле со стороны властей.
«Были арестованы и погибли трое из четырех президентов ВАСХНИЛ довоенного времени – Н.И.Вавилов, А.И.Мурадов и Г.К.Мейстер, академики АН СССР Н.М.Тулайков, Н.П.Горбунов, Г.А.Надсон, член-корреспондент АН СССР Г.А.Левитский, академик АН УССР И.И.Агол, профессора С.Г.Левит, М.Л.Левин, Л.И.Говоров, Г.Д.Карпеченко, К.А.Фляксберг, Б.А.Паншин, Н.К.Беляев. Был снят в 1939 г. с поста директора основанного им Института экспериментальной биологии Н.К.Кольцов. В 1940 г. была арестована и группа ленинградских генетиков, скоропостижно скончался затравленный Кольцов.
Сослан на каторгу В.П.Эфроимсон за представленное в Прокуратуру СССР и в отдел науки ЦК КПСС обвинительное заключение о вреде, наносимом Лысенко и его окружением народу и стране.
В 1948 г. умер А.С.Серебровский, после 1948 г. отстранен от должности И. И. Шмальгаузен, отстранен и умирает М.М.Завадовский, отстранен и умирает обвиненный в космополитизме Д.Л.Рубинштейн, кончил жизнь самоубийством любимый профессор Московского университета Д.А.Сабинин».
В 1937 году была арестована декан Биологического ф-та МГУ Быховская. И сразу было начато обследование хозяйственного положения на Звенигородской биостанции. Но как выяснилось впоследствии, образованная комиссия интересовалась в основном самим Скадовским, как руководителем станции и его собственностью. В архиве кафедры гидробиологии сохранились приказы, письма, распоряжения, характеризующие обстановку того времени, ниже мы приводим эти документы.
Особенно большую активность в деле ревизий Станции и научной и общественной деятельности Скадовского проявил аспирант Скадовского, кандидат партии Семен Осипов. Семен Осипов – бывший студент кафедры, потом аспирант кафедры, позднее к.б.н. В 1932 г будучи студентом 3-го курса Биологического отделения был послан на практику в Каспийский ин-т. От Директора Каспийского ин-та М. Герасимова на ф-т пришло письмо, в котором он обращает внимание на крайне несознательное и недобросовестное отношение к работе Осипова.
«По окончании его самостоятельного рейса просмотр журналов вызвал должный ряд недоумении и сомнений в правильности производства работ. Но затем выяснился позорный факт фальсификации данных по температурным наблюдениям. Выяснилось, что С.К.Осипов вовсе не вел указанных наблюдений, а вписывал цифры из головы….Подобное отношение дискредитирует научно-исследовательские работы в глазах рабочих рыбной промышленности и судовой команды, что крайне тяжело отразилось на ходе работ».
В результате работы комиссии последовал приказ Директора МГУ Бутягина.
ПРИКАЗ № 112 ОТ 22 СЕНТЯБРЯ 1937 ГОДА. В результате обследования Звенигородской станции проф. Скадовский С.Н. допустил полный развал денежной отчетности, засоренность чуждыми элементами, полное отсутствие какой либо общественной и политической работы среди сотрудников. Ограничил тематику вопросами гидрофизиологии, не придал научной работе необходимой широты. Ввиду изложенного отстранить проф. Скадовского С.Н. от руководства Станции, как явно несоответствующего требованиям. Бывшего заместителя директора по хозяйственной части Пажиткова, снятого ранее с должности за крупные неправильности в денежной отчетности–отстранить от работы на биостанции и в лаборатории Гидробиологии НИИЗа и привлечь к судебной ответственности. За развал хозяйства Станции, запущенную и неправильную денежную отчетность в равной мере отвечает фактически руководившая хозяйством Станции ближайшая помощница проф. Скадовского–Брюхатова, по этому приказываю отстранить ее от работы, как на Звенигородской Станции, так и в лаборатории Гидробиологии НИИЗ. Станции придать широкое гидробиологическое направление. В дальнейшем Станцию именовать Звенигородской Биостанцией Биофака МГУ. Декану Биофака представить кандидатуру на должность заведующего Биостанцией. Ввести в научный состав Станции кроме гидробиологов штатного 1 зоолога и 1 геоботаника, чтобы обеспечить всестороннее использование всех возможностей Биостанции и надлежащего руководства студентов. Поручить управлению делами НИИЗ выяснить законное право проф. Скадовского на занимаемую им дачу при Биостанции. ДИРЕКТОР УНИВЕРСИТЕТА БУТЯГИН
После опубликования приказа № 112 все прежние служащие Станции были уволены, а рабочая комната Скадовского без его предупреждения и в его отсутствии ликвидированы и превращены в жилые помещения.
Станцией стал заведовать С.К. Осипов, который вместе с другими новыми служащими станции, привел Станцию в состояние полного развала. Обнаружилась растрата. Осипов был вскоре смещен и по суду должен был возвратить незаконно присвоенные им деньги.
После Осипова на Станции в течение короткого времени сменилось несколько заведующих, научная работа прекратилась, а расходы на ее содержание сильно возросли.
В ответ на снятие его с заведования Станцией и развал научной работы вновь поставленными заведующими (Милешко и др), С.Н. Скадовский пишет протест Директору Университета Бутягину, Народному Комиссару Просвещения Тюркину и Зам Председателя Совнаркома А.И. Микояну. Он обращается также к общественности факультета:
В письме Народному Комиссару Просвещения тов. Тюркину (конец 1937г) С.Н.Скадовский рассказывает историю возникновения станции. Он пишет:
Я признаю, что мною допущен ряд ошибок в отношении работы на Станции, но все же я считаю, что нет оснований для моего увольнения и что реорганизацию Станции можно было произвести более целесообразно, не разрушая того безусловно ценного, что было в ее работе. Некоторые мотивы, указанные в приказе я считаю прямо абсурдными, как например обвинение меня в развале Станции и в нежелании расширить ее работу, другие неверными, как например, указание на отсутствие общественно-политической работы.
В докладной записке С.Н,Скадовского Заместителю Председателя Совнаркому Микояну А.И он предлагает для сохранения гидро-физиологического направления на станции передать ее одному из ин-тов ВНИРО или Мосрыбвтуза, также передать в Академию Наук (в ин-т к С.А. Зернову).
Сергей Николаевич обращается к директорам ин-тов акад. Н.К. Кольцову, акад. С.А.Зернову с просьбой подтвердить научную значимость проведенных работ на Станции. От этих ин-тов на имя директора Университета Бутягина были получены заявления, подтверждающие теоретическую и хозяйственную ценность работ на Биостанции.
На Биологическом ф-те и на Биостанции начинается период травли и запугивания самого С.Н.Скадовского и его семьи со стороны новых служащих Станции (Каретникова, Н.В.Лебедев, Ф.Милешко, Тыртикова) при явном попустительстве администрации Биофака.
В ночь с 12 на 13 января 1938 г произошла кража и разбой на даче на Биостанции. В доме были выбиты стекла, в комнатах раскрыты шкафы и ящики столов, разбросаны бумаги, документы и носильные вещи. Пришлось вызывать милицию и заводить уголовное дело.
А сам Сергей Николаевич продолжает бороться за сохранение научной самостоятельности Биостанции.
Вопрос о Биостанции обсуждался на заседании кафедры гидробиологии Московского университета, выписка из протокола заседания приведена ниже.
ВЫПИСКА ПРОТОКОЛА СОБРАНИЯ КОЛЛЕКТИВА РАБОТНИКОВ КАФЕДРЫ ГИДРОБИОЛОГИИ С УЧАСТИЕМ ДИРЕКЦИИ И ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ОБЩЕСТВЕННЫХ ОРГАНИЗАЦИЙ ОТ 16 МАРТА 1938 ГОДА ПРИСУТСТВОВАЛИ: ТТ. БОРОВСКИЙ, НАРХОВ, Б.А.КУДРЯШОВ, М.М.ЗАВАДОВСКИЙ, Н.К.ДЕКСБАХ, С.К.ОСИПОВ, Н.С.СТРОГАНОВ, Г.Н.КАЛАШНИКОВ, Н.В.ЛЕБЕДЕВ, Е.Г.СВИРЕНКО, СТОЯНОВ, А.Ф.РЫК, А.Т.ПОЖИТКОВ, А.Н.ФОРМОЗОВ, Л.А.ЗЕНКЕВИЧ, Т.Е.МОРОЗОВА, Т.В.НОВИКОВА, ИЗМАЙЛОВА, С.И.КУЛАЕВ, Б.С.МАТВЕЕВ, КОРЧАГИН, НИКУЛОЧКИН, М.М.БОТВИННИК. ПРЕДСЕДАТЕЛЬ–БОРОВСКИЙ, СЕКРЕТАРЬ–МОРОЗОВА ПОВЕСТКА ДНЯ: ОБСУЖДЕНИЕ ВОПРОСА ОБ УРЕГУЛИРОВАНИИ РАБОТЫ КАФЕДРЫ. СЛУШАЛИ: СООБЩЕНИЕ ПРОФ. С.Н. СКАДОВСКОГО О РАБОТЕ СТАНЦИИ ЗА ИСТЕКШИЕ 27 ЛЕТ. ПРЕДЛОЖЕНИЯ: БОРОВСКИЙ ВНОСИТ СЛЕДУЮЩИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ. Выразить доверие С.Н.Скадовскому, отмести все вздорные слухи. Предложить комиссии выработать резолюцию об улучшении работы кафедры. Предложить администрации института обеспечить полную возможность научной работы Скадовского на Звенигородской станции. Просить дирекцию ускорить утверждение Скадовского, как заведующего кафедрой. ВСЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ ПРИНЯТЫ ЕДИНОГЛАСНО. ПРЕДСЕДАТЕЛЬ СОБРАНИЯ БОРОВСКИЙ СЕКРЕТАРЬ МОРОЗОВА.
26 марта 1938 года приказом НКП т. Двухшерстова прежний приказ директора МГУ отменен как неправильный.
РАСПОРЯЖЕНИЕ № 94 ПО УПРАВЛЕНИЮ ВЫСШЕЙ ШКОЛЫ НКП РСФСР ОТ 26 МАРТА 1938 ГОДА В СООТВЕТСТВИИ С ВЫВОДАМИ КОМИССИИ, СПЕЦИАЛЬНО РАЗБИРАВШИЕ ЗАЯВЛЕНИЕ ПРОФ. СКАДОВСКОГО ПРИКАЗЫВАЮ: Приказ по МГУ от 22 сент. 1937 г отменить, как неправильный. Звенигородскую Гидробиологическую станцию реорганизовать в Биостанцию Биофака Московского Государственного университета. Биостанцию МГУ считать как базу научно-учебной работы кафедр Биологического факультета МГУ. Поручить Директору МГУ тов. Бутягину разработать в 10-ти дневный срок положение о Биостанции и представить мне на утверждение. Обязать директора МГУ т. Бутягина предоставить возможность проф. Скадовскому продолжать начатую им на Станции научно-исследовательскую работу. НАЧАЛЬНИК УПРАВЛЕНИЯ ВЫСШЕЙ ШКОЛЫ ДВУХШЕРСТОВ.
Еще ранее был реабилитирован комсомолец Пожитков А. Т. и восстановлена на работе по суду Брюхатова А.Л. Сам С.Н.Скадовский основанную им биостанцию больше никогда не возглавлял.