Многое изменилось и на биостанции. Настало трудное, тревожное время. Особенно трудно было в 1941 г.
Фашистские стервятники летали бомбить Москву ночью, ориентируясь по реке. Здесь, на подступах к Москве, в районе биостанции их встречали наши истребители. Шли жестокие воздушные бои. Падали бомбы с подбитых самолетов, падали сами самолеты. В сентябре жители биостанции каждую ночь уходили в лес.
В ноябре война вплотную подошла к биологической станции. Но все же гитлеровские войска ни разу не вступали на ее территорию, хотя на правом берегу реки в районе села Луцино они находились короткое время. Половина Звенигородского района была захвачена врагом, 72 селения были оккупированы немецкими войсками, из них 28 сожжены.
Воспользовавшись временным затишьем в боевых действиях, наши войска успели создать в этом районе систему надежных оборонительных сооружений. Жители Звенигорода были эвакуированы. В районе биостанции линия фронта проходила по Москве-реке. Правый берег занимали наши войска, а на левом берегу (в Каринском, в Устье) были немцы. В эти дни гитлеровцы пытались занять село Луцино. Ночью отряд численностью около взвода форсировал реку, обошел село с тыла и занял луцинское кладбище на бугре, перерезав дорогу в Гигирево. Вскоре немцы отошли назад, на левый берег.
В районе Звенигорода 19 ноября 1941 г. начались сильные бои. На следующий день, 20 ноября, гитлеровское командование сообщило: «Подмосковная Швейцария и знаменитая русская святыня Звенигород взяты немецкими войсками». Однако немцы поторопились со своей победной реляцией: Звенигород не был взят и линия фронта проходила в 3 км от него. Со стороны Рыбушкина, Саввинской слободы, Дютькова город защищала 144-я дивизия.
Тяжелыми были дни 1-4 декабря 1941 г. Потерпев неудачу в лобовой атаке Звенигорода, противник обошел город с севера и двигался на Голицыно. А с юга немцы наступали от Наро-Фоминска. Территория биологической станции оказалась обойденной немецкими войсками, которые пытались замкнуть кольцо окружения и соединиться в Голицыне.
5 декабря была остановлена группировка противника, пытавшая ся прорваться к Голицыну с севера. А на следующий день началось историческое наступление советских войск под Москвой. К 7 декабря. было освобождено 16 селений и противник был отброшен на 20 км на запад от Голицына. Но в районе Звенигорода и биостанции положение оставалось без изменений.
Морозной ночью 13 декабря с территории леса биологической станции начал легендарный рейд в тыл врага кавалерийский корпус генерал-майора Л.М.Доватора. Под прикрытием артиллерии кавалеристы прорвались через стык двух немецких дивизий в районе Улитина и начали громить немецко-фашистские тылы. Используя замешательство противника, вызванное рейдом конницы, советские войска развивали наступление, освободили Каринское (в нем из 60 домов уцелело только 6), Андреевское и другие населенные пункты по левому берегу реки. К 25 декабря весь Звенигородский район был очищен от врага.
В деревне Аниково на братской могиле сооружен памятник советским воинам, которые погибли, но не пропустили врага на правый берег Москвы-реки. Можно представить себе, как это все было в сорок первом. Наш берег низкий, а тот, левый, высокий и Каринское стоит на горе. Отсюда фашисты вели артиллерийский обстрел нашей обороны. И здесь находился проходимый для танков брод самый мелкий на всем протяжении реки от Можайска до Москвы. Все преимущества местности были на стороне противника. Однако попытки немцев форсировать реку и прорвать оборону оказались безуспешными. Тут же, немного выше по течению конница Доватора переходила р. Москву по льду. Ниже по течению начинается лес по склону реки, помогавший держать оборону от Аникова до Луцина и скрывавший от врага маневры наших танков и конницы. Теперь в начале этого леса у Аникова расположен пионерский лагерь «Мирный», а дальше до поселка Академии наук тянется лес биостанции.
На прежней линии фронта следы войны сохранились до наших дней. Грунтовую дорогу от Луцина на Аниково так разбили танки, что и сейчас по ней проехать нелегко. Ее теперь называют Танковой дорогой. Кое-где в лесу еще заметны старые воронки от разрывов снарядов. Они уже заросли деревьями. Обвалились, осыпались окопы по всему склону леса, в том числе и у самых Нижних дач, но все же их можно обнаружить.
Жители деревни Волково, спасаясь от артобстрелов, сделали большую землянку в 18 квартале леса. Землянка давно обрушилась, поросла молодым лесом, а все еще заметны ее контуры. Здесь много лет лисы устраивали норы.
Биологическая станция немало пострадала от военных действий. На Верхней даче сгорели три больших дома, лаборатория. Остался двухкомнатный домик-сторожка, в которой жил завхоз, и два сарая. В одном из этих сараев вынуждена была жить семья Скадовских, вернувшаяся из Ашхабада после эвакуации. Нижние дачи сохранились, все три дома стоят и по сей день.